In the context of the various research projects I've been working on or am still working on, the following papers were published.

• Gloriam D.E., Orchard S., Bertinetti D., Björling E., Bongcam-Rudloff E., Borrebaeck C.A.,Bourbeillon J., Bradbury A.R., de Daruvar A., Dübel S., Frank R., Gibson T.J., Gold L., Haslam N., Herberg F.W., Hiltke T., Hoheisel J.D., Kerrien S., Koegl M., Konthur Z., Korn B., Landegren U., Montecchi-Palazzi L., Palcy S., Rodriguez H., Schweinsberg S., Sievert V., Stoevesandt O., Taussig M.J., Ueffing M., Uhlén M., van der Maarel S., Wingren C., Woollard P., Sherman D.J., Hermjakob H.
  A community standard format for the representation of protein affinity reagents.
  Molecular & cellular proteomics, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 9(1):1-10, 2010.
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• Bourbeillon J., Giroud F., Garbay C.
  Mass data exploration in oncology: an information synthesis approach.
  Journal of Biomedical Informatics, Elsevier, 42(4):612-623, 2009.
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• Bourbeillon J., Garbay C., Giroud F.
  Une perspective analytique pour la recherche d'information. Application : conception et évaluation de Tissue Microarrays.
  Revue ISI - Ingénierie des Systèmes d'Information, Numéro spécial Systèmes d'Information Spécialisés, Hermès Sciences. 11(5):109-135, 2006.
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• Bourbeillon J., Garbay C., Simony-Lafontaine J., Giroud F.
  Multimedia Data Management To Assist Tissue MicroArrays Design.
  In: Silvia Miksch, Jim Hunter, Elpida Keravnou (Eds.): Artificial Intelligence in Medicine. Proceedings of the 10th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 05.
  Aberdeen, Scotland. July 23 - 27, 2005.
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• Giroud F., Simony-Lafontaine J., Montmasson M.-P., Heus R., Bourbeillon J., Garbay C.
  The TMAs-Explorer Platform: an integrated tool including a virtual TMA concept.
  In: Abstract Book of the 7th European Congress on Virtual Microscopy and 1st International Congress on Virtual Microscopy.
  Poznan, Poland. July 8 - 11, 2004.
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• Bourbeillon J., Garbay C., Giroud F.
  Génération de documents multimédia adaptatifs dans une perspective analytique.
  In: Actes de la conférence INFORSID 05.
  Grenoble, France. May 24 - 27, 2005.
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• Bourbeillon J., Garbay C., Giroud F.
  Gestion de connaissances et de données dans l'aide à la conception de Tissue Microarrays.
  RNTI E5 - Extraction des connaissances : Etat et perspectives. Rédacteurs invités : Florence Cloppet, J-Marc Petit, Nicole Vincent.
  Paris, France. January 18, 2005.
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• Bourbeillon J.
  Progress in advanced searching of binder data warehouses.
  ProteomeBinders reporting meeting.
  Alpbach, Austria. March 23, 2009.
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• Bourbeillon J.
  Knowledge bases: representation and use - RDFS, RDF, SPARQL and beyond.
  LaBRI, GT MaBioVis
  Talence, France. June 26, 2008.
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• Bourbeillon J.
  ProteomeBinders - Vers une infrastructure européenne de ressources pour les agents de liaison dirigés contre le protéome humain.
  LaBRI, GT MaBioVis
  Talence, France. March 27, 2008.
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• Sherman D., Bourbeillon J., Palcy S.
  Towards a Europe-wide infrastructure.
  ProteomeBinders Bioinformatics workshop
  Hinxton, United-Kingdom. January 10 - 11, 2008.
  
• Bourbeillon J.
  Vers une synthèse d'information orientée tâche – application à la conception et l'évaluation de Tissue MicroArrays.
  LaBRI, GT MaBioVis
  Talence, France. November 15, 2007.
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• Bourbeillon J., Garbay C., Giroud F.
  Gestion de connaissances et de données dans l'aide à la conception de Tissue Microarrays (TMA)
  GDRI3, GT Documents multimédia
  Grenoble, France. December 10, 2004.
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• Bourbeillon J.,
  PhD Thesis - Vers une synthèse d'information orientée tâche - application à la conception et l'évaluation de Tissue MicroArrays.
  Université Joseph Fourier (Grenoble 1),
  Grenoble, France. October 2007.
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• Bourbeillon J.,
  Master Thesis - Un système hybride d'aide à la conception de Tissue Microarrays (TMA).
  Université Joseph Fourier (Grenoble 1),
  Grenoble, France. September 2004.
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• ProteomeBinders Consortium,
  NA5 Activity report for year 2.
  March 2008.
  
• Palcy S. , Bourbeillon J. , Sherman D., de Daruvar A.
  NA5.1 Standards, Ontology and Database Schema for Ligand Binders Information.
  ProteomeBinders European Project.
  March 11, 2008.
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