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ProteomeBinders

Descriptif du projet

ProteomeBinders est un consortium européen qui se propose d'établir une infrastructure d'agents de liaison pour la détection du protéome humain, associée à des outils faciliant leur utilisation et application dans l'étude de la structure et des fonctions du protéome.

Actuellement, il n'existe pas de structure trans-européenne consacrée au développement et au contrôle qualité systématiques de ces réagents essentiels. Le consortium vise à fournir un jeu d'agents de liaison aux caractéristiques constantes, qui sont nécessaires pour la détection de toutes les protéines humaines pertinentes dans les tissus et fluides, qu'ils soient sains ou pathologiques. Comme la taille du protéome humain est au moins 10 fois plus grande que les ~ 24 000 gènes codants actuellement connus, l'ampleur de notre projet est potentiellement immense.

Le projet va coordonner une ressource européenne en intégrant les infrastructures existantes, faisant l'inventaire des technologies et méthodes de production à haut débit, outils de standardisation et applications, et en établissant une base de données.

Activités

Dans le contexte de ce projet, je participe en tant que post-doc INRIA aux activités NA5. L'objectif de ce volet du projet est de fournir des outils bioinformatiques au projet. En particulier, je suis impliquée dans les tâches du paquet NA5.1 qui est centré sur les standard, ontologie et schéma de base de données pour les informations associées aux agents de liaison et leurs cibles.

En effet, afin de faciliter l'échange d'informations concernant les agents de liaison et leurs cibles, les données doivent être standardisées et proposer des descriptions non ambigües. L'objectif est de formaliser de telles descriptions au sein d'une ontologie des propriétés des agents de liaison et d'une liste des propriétés nécessaires et suffisantes pour la représentation et l'échange de données. En complément, une base de données doit être développée en tant que dépôt central d'informations concernant les agents de liaison ciblant le protéome humain. Cette base de données doit inclure des informations basiques sur chaque paire agent de liaison / cible, avec des liens vers des ressources distribuées, telles que des bases de données hébergées par des partenaires.

Mes travaux sont plus précisément consacrées à l'adaptation du modèle de données IntAct au contexte ProteomeBinders et à la définition d'une ontologie agent de liaison / cible, en tant que base pour le raisonnement sur le gros volume de données que devrait bientôt être disponible. L'objectif à moyen terme est de développer des services Web pour assister les producteurs et utilisateurs d'agents de liaison dans leurs tâches quotidiennes telles que : planifier la production d'agents de liaison selon l'importance de molécules dans des chemins métaboliques ou en tant qu'éléments manquants dans la conception d'une expérience à haut-débit, choisir le ou les agents de liaison les plus adaptés pour un contexte ou un objectif expérimental, etc.

Liens

Quelques ressources externes autour de ce sujet sont listées ci-dessous :