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Dans le cadre de mes activités de recherche et d'enseignement, j'ai aussi pris part à l'encadrement d'étudiants en stage, qu'il s'agisse du co-encadrement d'étudiants en stage dans mon équipe de recherche ou de tutorat (suivi de stage) d'étudiants en stage hors de l'université.

Co-encadrement de stages

2008-2009

Alice Garcia

Niveau : Master 2 Informatique - Université Bordeaux 1, élève-ingénieur 3ème année - ENSEIRB
Nature : Stage de fin d'études
Sujet : Analyse symbolique de données multi-génomiques dans un cadre RDF

Il s'agit d'un stage de 20 semaines dont j'ai assuré l'encadrement à 50%.

L'objectif du stage était la mise en place d'outils d'interrogation avancés sur la base de données du projet Génolevures, qui collecte des données de séquençage pour des levures hémiascomycètes. Le stage se décline en trois objectifs :

  1. A travers des études de cas fournies par le domaine d'application, identifier les besoins d'inférence déductive et inductive (e.g. pouvoir d'expression),
  2. Définir une formalisation mathématique des relations entre gènes et groupes de gènes dans le cas multi-génomique, en utilisant les notations RDF,
  3. Évaluer des stratégies d'interrogation et si besoin d'inférence, et leur compatibilité avec une approche web-services.

2006-2007

Saïd Diallo

Niveau : Master 2 Professionnel Compétences Complémentaires en Informatique, Université Grenoble 1
Nature : Stage de Master 2
Sujet : Transfert de données expérimentales génomiques dans une base de données

Il s'agissait d'un stage de 16 semaines dont j'ai assuré l'encadrement à 10%.

L'objectif du stage était la mise en place d'outils permettant le chargement de données expérimentales publiquement disponibles au sein d'une base de données locale axée génomique, à des fins de fouille de données. Ces travaux impliquaient une analyse syntaxique de fichiers Excel et leur transformation en vue de leur intégration dans une base de données MySQL. Ces analyses et transformations ont été réalisées en utilisant Lex et Yacc.

Julien France

Niveau : Master 2 Professionnel Compétences Complémentaires en Informatique, Université Grenoble 1
Nature : Stage de Master 2
Sujet : Intégration de l'appel de routines R à un système d'exploration de données TMA

Il s'agissait d'un stage de 16 semaines dont j'ai assuré l'encadrement à 40%.

Les premiers tests du prototype de système de synthèse réalisé dans le cadre de ma thèse ont révélé un besoin de couplage de la visualisation du document de synthèse avec des résultats issus d'outils de fouille de données classiques. L'objectif du stage a alors été une étude technique de l'appel de fonctions R à partir de pages Web développées en JAVA, afin de préparer l'intégration au système de synthèse en tant que telle.

Pierre-Julien Villoud

Niveau : DUT informatique - IUT2, Université Grenoble 2
Nature : Stage de fin de deuxième année
Sujet : Réalisation d'un système d'interfaces basé sur la technologie XFORMS

Il s'agissait d'un stage de 12 semaines dont j'ai assuré l'encadrement à 95%.

L'objectif du stage était, comme pour le stage de Samira Khloufi, la réalisation de l'interface de saisie de requête pour le système de synthèse, mais en explorant une autre approche. La génération automatique de formulaires à partir d'une description XML relève de la technologie XFORMS. C'est celle-ci qui a été adoptée, avec un recours au framework Orbeon Forms, qui permet de pallier le support limité de XFORMS dans les navigateurs Web actuels.

2005-2006

Samira Khloufi

Niveau : Master 1 Informatique - Université Grenoble 1
Nature : Stage TER (Introduction à la recherche par la recherche)
Sujet : Un système flexible de saisie de requêtes

Il s'agissait d'un stage de 8 semaines dont j'ai assuré l'encadrement à 90%

L'objectif du stage était de réaliser une première étude de réalisation d'une interface de saisie de requête pour le prototype de système de synthèse que j'ai réalisé dans le cadre de ma thèse. Ce stage a permis de montrer la faisabilité de la construction de formulaires de saisie de requête adaptés à la tâche de synthèse à réaliser, par l'intermédiaire d'un système ad-hoc de génération de formulaires à partir de leur description au format XML.

Tutorat de stages

2008-2009

Loïc Couderc

Niveau : Master 2 Bioinformatique - Universités Bordeaux 1 et 2
Nature : Stage de Master 2
Sujet : Méta-analyse de données transcriptomiques – CRP-Santé, Luxembourg

Il s'agissait d'un stage de 24 semaines pour lequel j'ai été enseignant tuteur.

L'objectif du stage était de réaliser une méta-analyse de données transcriptomiques concernant l'expression des gènes reliés au cytosquelette dans différents échantillons et conditions expérimentales. Il s'agissait d'extraire ces données à partir de banques de données spécialisées et d'en faire l'exploitation statistique et bioinformatique.

Sarah Fouré, Master 2 Bioinformatique - Universités Bordeaux 1 et 2

Niveau : Master 2 Bioinformatique - Universités Bordeaux 1 et 2
Nature : Stage de Master 2
Sujet : Implémentation d'une bio-banque – CRP-Santé, Luxembourg

Il s'agissait d'un stage de 24 semaines pour lequel j'ai été enseignant tuteur.

Le stage s'est inscrit dans le cadre d'un projet nouveau consistant en l'implémentation d'une biobanque au Grand Duché du Luxembourg. Une première étape de ce projet consistait à mettre en place un système de suivi des échantillons (ex: tumeur, sang, etc.) qui sont prélevés dans les hôpitaux et stockés ensuite dans la biobanque. Ce stage devait permettre la préparation des étapes suivantes du projet, visant à proposer des outils d'analyse des données associées aux échantillons. En particulier il visait à réaliser une revue des banques de données publiques d'intérêt dans le contexte du projet et de développer un prototype de système d'intégration de ces données publiques avec celles de la biobanque pour permettre leur interrogation conjointe.